Los encargados de la planeación de la CARDER plantearon desde 1995 una subregionalización basada en las dos grandes cuencas del departamento: ríos San Juan y Cauca. El primero recibe la contribución de las aguas de los ríos Mistrató, Agüita, Guarato, Tatamá y Río Negro durante los 50 kilómetros de su recorrido por el departamento. El Cauca, por su lado, recibe las aguas de los ríos Otún, Campoalegrito, Quinchía, Cañaveral, Opiramá, San Francisco, Risaralda y La Vieja.
Este importante aporte de subregionalizar el departamento le permite a la CARDER focalizar mejor sus recursos físicos, técnicos y económicos y observar los impactos ambientales como hechos interrelacionados y no como simples acontecimientos coyunturales.
El consenso alcanzado para crear las tres subregiones representa uno de los primeros pasos a nivel nacional en la modernización de los instrumentos de planeación y fue un adelanto a mandamientos legales sobre esta materia, que incluso no se ha podido materializar en gran parte del país.
Sin embargo, esta subregionalización no ha sido adoptada por otros organismos institucionales que tienen injerencia en el departamento, desperdiciándose una valiosa experiencia acumulada por casi cuatro lustros por parte de la Corporación y sus funcionarios.
Cada una de las tres subregiones presenta entre sí evidentes diferencias en sus características biofísicas, económicas, culturales, sociales y ambientales.
La primera subregión se relaciona con la Vertiente Oriental del río Cauca y abarca los municipios de Pereira, Dosquebradas, Santa Rosa y Marsella.
La segunda subregión hace relación con la Vertiente Occidental del río Cauca, en la cual se ubican los municipios de La Virginia, Apía, Santuario, Balboa, La Celia, Guática, Belén de Umbría y Quinchía.
La tercera subregión se conoce como Vertiente del Pacífico y de ella hacen parte los municipios de Mistrató y Pueblo Rico.
